第2旅客ターミナルビルの供用開始に先駆け、1998年3月20日には新国際線旅客ターミナルビルが完成した。2002年には早朝深夜枠を利用したグアムやアジア各国へのチャーター便の運航が始まる。4月18日に成田空港のB滑走路が暫定供用を開始したことに伴い、チャイナエアラインとエバー航空は成田発着となる。

これで浮いた発着枠が活用されたのが同年開催された2002年サッカーワールドカップ日韓大会だった。韓国ではソウル都心にほど近い金浦空港が新たに建設された仁川国際空港に表玄関の地位を明け渡して国内空港化していたが、仁川はソウル都心からは遠く不便で、成田とよく似た状況にあった。そこでワールドカップ開催期間中とその前後に羽田と金浦を直接結ぶチャーター便を発着させたのである。これが好評を博したため、翌2003年からは羽田と金浦の間に「定期チャーター便」という、定期便に限りなく近い航路が開設された。

2007年には同じ「定期チャーター便」方式で、羽田と中華人民共和国の上海の虹橋空港の間に、2008年には香港の間に航路が開設されている。