市内の医療機関の多くは武蔵野市医師会に所属している。

救急指定病院

• 武蔵野赤十字病院
• 松井外科病院
• 森本病院
• 吉方病院
• 吉祥寺南病院
• 武蔵野陽和会病院（旧・西窪病院）

医師会関連施設

• 武蔵野市医師会館
• 臨床検査センター
• 武蔵野健康開事業団