公務執行型テロリズムが過剰暴力や非合法活動の正当化に使われている（テロ撲滅のためには多少の付随的な犠牲が出るのはやむを得ないという主張）との批判もある。具体的には公務執行型テロリズムに伴う一般市民への誤射・誤爆などである。

またパレスチナ人のインティファーダ（対占領抵抗運動）へのイスラエル軍の攻撃、北部イラク・クルド人自治区のクルド人へのトルコの攻撃、バスク地方及びETAへのスペインの態度、チェチェン共和国独立派へのロシアの態度もカウンターテロリズムを用いた過剰暴力の正当化、もしくはカウンターテロリズムを大義名分にした体制側テロリズム・公務執行型テロリズムの例とされることがある<ref>イスラエルの人権団体「ベツェレム」の調査では、2006年中のパレスチナとイスラエルの犠牲者数の比率は660:23。パトリック・オコナーによると、2000年以来の累計では39:10であった。このような調査結果から、「イスラエルの武力行使は過剰で非人道的である」という批判がなされる</ref>。

逆に、体制を攻撃するテロリスト側が、良心的・人道的な国際世論を利用し、自身の正当化を図るケースもある。「体制側の『テロリスト』というレッテル張りによって、我々は不当に弾圧されている。」という論理である。一般に複数の組織が政治的に敵対関係にある場合、自身の正当化や政治宣伝はどちらの側からもおこなわれる。