21世紀COEプログラムは13件採択されている。

• 2002年度

  生命科学

  バイオナノテクノロジー基盤未来医工学

  化学・材料科学

  大分子複雑系未踏化学

  物質創製・材料化国際研究教育拠点

  情報・電気・電子

  新世代情報エレクトロニクスシステムの構築

  人文科学

  言語・認知総合科学戦略研究教育拠点

• 2003年度

  医学系

  シグナル伝達病の治療戦略創生拠点

  数学・物理学・地球科学

  物質階層融合科学の構築

  先端地球科学技術による地球の未来像創出

  機械・土木・建築・その他工学

  ナノテクノロジー基盤機械科学フロンティア

  流動ダイナミクス国際研究教育拠点

  社会科学

  社会階層と不平等研究教育拠点の形成

  男女共同参画社会の法と政策

• 2004年度

  革新的な学術分野

  医薬開発統括学術分野創生と人材育成拠点