太平洋戦争下の1941年（昭和16年）、政府の宗教政策により、古義真言宗・新義真言宗系の宗派は大真言宗へ強制的に編入された。また、戦時中は、敵国降伏の祈祷が大真言宗の各本山・末寺において、たびたび行われた。

戦後、大真言宗から独立していく、古義真言宗・新義真言宗の宗派が相次いだ。新しい宗教法人制度が制定されて、この動きがさらに加速した。