1890年（明治33年）9月、真言宗高野派（金剛峯寺）・真言宗御室派（仁和寺）・真言宗大覚寺派（大覚寺）・真言宗醍醐派（醍醐寺）・新義真言宗智山派（智積院）・新義真言宗豊山派（長谷寺）・律宗（現・真言律宗）に対して独立が認可された。 さらに、1907年（明治40年）、真言宗東寺派（東寺）・真言宗山階派（勧修寺）・真言宗泉涌寺派（泉涌寺）・真言宗小野派（随心院）が独立し、真言宗は解体された。

古義真言宗系宗派は、古義八派（真言宗高野派・真言宗御室派・真言宗大覚寺派・真言宗東寺派・真言宗山階派・真言宗泉涌寺派・真言宗醍醐派・真言宗小野派）となり、古義八派連合制度を組織した。

1925年（大正14年）、古義八派連合制度は解体され、宗派の自主独立制が採られた。

真言宗高野派・真言宗御室派・真言宗大覚寺派は、合同して古義真言宗を組織した。古義真言宗は他の古義真言宗系宗派との間に真言宗各派協約を締結し、教師・住職の人材交流・相互協力を行った。