1896年（明治29年）、醍醐寺が真言宗からの分離独立、金剛峯寺も同様の請願が、真言宗宗会に提出された。この請願は内務省で審議されたが、結局、不認可となった。

1899年（明治32年）10月、真言宗宗会にて、画一宗派（古義・新義真言宗各派が合同協力して、全真言宗を統括していく）と分離独立派（古義・新義真言宗の各本山には、歴史的経緯や事相（真言密教の修法・儀礼）の流派の違いなどから、各本山ごとで独自の宗派を立てて、宗団を維持していく）の2派による対立があり、紛糾した。