明治維新以降、明治政府は神仏分離を推進した。宮中では勅修法会が廃止され、宮中行事における仏教色の排除が図られた。それに伴い、廃仏棄釈が起り、真言宗の寺院は本山・末寺にかかわらず大きな打撃を受けた。真言宗に属している神宮寺が廃されて、神社に改められることもあった。僧籍を離脱して、神社の神職になったり、還俗する僧侶も現れた。

政府の命令で、寺院の所有している土地の返納を要求して、政府へ強制的に返納させた。また、没収する場合もあった。特権も廃され、勅願所・門跡の称号を禁止された。これらの施策により、財政基盤を失うこととなった。結果、多くの寺院の経営が立ち行かなくなり、廃寺に追い込まれた。