江戸時代に入ると、江戸幕府は仏教界に対して新たな宗教統制を講じた。1604年（慶長14年）に、関東真言宗古義法度、東寺・醍醐寺・高野山学侶方にも法度が出された。また、1615年（元和元年）7月24日、徳川家康が真言宗諸法度を真言宗諸本山・諸寺に対して出した。こうして、幕府の監視下に置かれることになった。

同時に、幕府の宗教政策である寺壇制度が確立した。

宗門改などを行うことで行政機関の役割を果たし、幕府の支配体制に完全に組み込まれた。寺壇制度は、諸本山・末寺にとっては財政的な安定を得たが、一部の諸本山・末寺に綱紀のゆるみが見られた。