根来山は大伝法院を含めて根来寺となり隆盛を極めたが、1585年（天正13年）豊臣秀吉により、焼き討ちにされ灰燼に帰した。

そのため、1588年（天正16年）に専誉が長谷寺に入って、後に真言宗豊山派の総本山となった。

徳川家康の保護を受け、1601年（慶長6年）に玄宥（げんゆう）が、根来寺にあった智積院を京都・七条に再建した。後に真言宗智山派の総本山となった。