宗団は、師資相承を重視するために分派していった。事相（真言密教を実践するための作法。修法の作法など）の違いによる分派であった。

教学（教義）そのものは、空海により大成されていたため、平安時代半ばまで、宗内での論争はあまりなかった。 しかし、11世紀末、覚鑁（興教大師）が高野山で秘密念仏思想を提唱した。

また、覚鑁は、大伝法院を創建、教学の振興のために大伝法会の復興を行った。東寺の支配から高野山の独立を図り、東寺長者が金剛峯寺の座主を兼職する慣例を廃止し、金剛峯寺座主に任ぜられたが、金剛峯寺方（本寺方）の反発を受け失敗した。その後、座主を辞して根来山（和歌山県）に隠棲した。

これより、金剛峯寺方（本寺方）と大伝法院（院方）の長く確執が続いた。両派は、古義（古義真言宗）・新義（新義真言宗）に分かれていった。

1290年（正応3年）には、頼瑜が大伝法院を根来山に移し、大日如来の加持法身説（新義）を唱えて、新義真言宗の教義の基礎を確立した。