再度のテレビアニメ化に合わせ、『週刊少年サンデー』（小学館）に連載。たくさんの短編・長編からなるが、その内容はネオ・ブラックゴースト団との戦いと、日常的な人間ドラマに二分される。なお、並行して同じ小学館発行の隔週刊誌『少年ビッグコミック』にも作品を発表している。時間軸としては地下帝国ヨミ編の約20年後であり、00ナンバーサイボーグ達の行動も他シリーズと比べると大人の側面が強い。