兵士として多数が戦線投入されるサイボーグマンを除いて、ゼロゼロナンバーたち9人以降に完成したサイボーグは、単体では彼らを上回る能力を持っているものが多い。009たちは、戦いの経験によって培ったチームワークと勇気で強敵に打ち勝っていく。上記のゼロゼロナンバー、ミュートスサイボーグ以外にも様々なサイボーグが登場する。ブラックゴースト以外にも、遠い古代や未来、別宇宙・異次元といった文明に生み出されたサイボーグ、ロボット、超能力者などが登場し、敵として立ちはだかることになる。

茨木（平成アニメ版・声：千葉一伸）

ジョーと一緒に鑑別所で脱走を試みた青年。出所してからは真面目に働き、レーサーとなったジョーと偶然再会する。だが実はジョーの不良仲間という所で目を付けられてブラックゴーストによってサイボーグに改造されており、ジョーを抹殺すべく送りこまれ、自分達を苦しい目にあわせた原因であるジョーを恨んでいた。最後は取り付けられた爆弾によって爆死する。サイボーグ態では体中からマシンガンを発射する。

平成アニメ版では茨木進一というフルネームになり、設定もジョーの孤児院仲間に変更されている。メリーと同じく混血っぽい顔立ちをしている。原作同様にジョーを恨んでいたが、ジョーへの友情も忘れたわけではなく、最後はジョーを爆発に巻き込ませない為に「来るな」と言ってジョーに微笑を投げかけながら3人で囲みあって爆死するという悲愴の死を遂げる。

小山田（平成アニメ版・声：小伏伸之）

茨木と同じく鑑別所で世話になった青年。出所してからは真面目に働き、ジョーと偶然再会する。だが実はジョーの不良仲間という所で目を付けられてブラックゴーストによってサイボーグに改造されており、ジョーを抹殺すべく送り込まれた。茨木のようにジョーを恨んではいなかったが、いつ爆発させられるか分からない爆弾を取り付けられていたので命令には逆らえなかった。最後はその爆弾によって爆死。サイボーグ態では腹部と背中に牙のようなものを出している。

平成アニメ版では小山田勝というフルネームになり、茨木と同じく孤児院仲間に設定変更された。さらに鉄道模型が趣味という設定が付加された。

メリー（平成アニメ版・声：本田貴子）

ジョーと同じく不良だった混血児の少女。出所してからは真面目に働き、ジョーと偶然再会する。だが実はジョーの幼馴染という所で目を付けられてブラックゴーストによってサイボーグに改造されており、ジョーを抹殺すべく送り込まれた。小山田と同様にジョーを恨んでおらず、むしろジョーに好感はあったが爆弾のせいで命令には逆らえなかった。最後は茨木と小山田と一緒に爆死。サイボーグ態は獣のように四足歩行になり、手から電撃を放出したり、喉の特殊音波発生装置で動物を操る。

平成アニメ版ではメリー・小野寺というフルネームになり、有色人種とのハーフらしく色黒になっている。幼い頃は泣き虫だったらしい。