（アニメなどで若干設定の変化がある）

少年鑑別所を脱走した島村ジョーは謎の男たちに捕らえられ、サイボーグにされてしまう。謎の男たちは世界の影で暗躍する死の商人・黒い幽霊（ブラックゴースト）団の手先だった。ブラックゴースト団は画期的な新商品・サイボーグ兵士の試作品としてジョーをサイボーグ009に改造したのである。だが彼は、同じくゼロゼロ・ナンバーを付けられた8人のサイボーグと、自分たちを改造したギルモア博士とともにブラックゴースト団を脱走する。人の心を持ちながらヒトでも機械でもない存在となった悲しみを胸に、サイボーグ戦士たちはブラックゴーストの野望を打ち砕くために戦い続ける。

朝日ソノラマ版では「オートレーサーであった島村ジョーはレースの途中で運悪く事故を起こし重傷を負う。すぐ様、駆けつけた救急車は、何故か病院へ向かわずに海へ真っ逆様に飛び込んでしまう。その救急車は実はダミーで、実は世界的な犯罪組織『ブラックゴースト団』の水陸両用の自動車であった」と記述されている。