旅客便の発着便数では、アフリカ大陸を除く全大陸に自社機材運航路線を持ち、日本のフラッグキャリアでインカンバント・キャリア（日米航空協定において日米間と以遠区間の路線便数を自由に設定できる航空会社）でもある日本航空グループが圧倒的に多い。その次に同じくインカンバント・キャリアであるデルタ航空/ノースウエスト航空と全日本空輸が続く。そしてデルタ航空/ノースウエスト航空とともに、以遠権を元にアメリカ線のみならずアジア線も多く運航するユナイテッド航空、キャセイ・パシフィック航空や大韓航空などが次ぐ形となっている。

貨物便では、成田国際空港を本拠地として使用しており、かつインカンバント・キャリアである日本のJALカーゴや日本貨物航空、アメリカのフェデックスやデルタ/ノースウエスト・カーゴが上位を占めている。

なお、ジェット・エアウェイズやマレーヴ・ハンガリー航空、ロイヤル・ネパール航空や南アフリカ航空など、常に世界各国の数十の航空会社が乗り入れの意向を示していると言われているが、発着枠が足りないことから乗り入れを実現できないでいる状況である。しかし、2010年のB滑走路の北伸後には、現在関西国際空港へ乗り入れているエミレーツ航空やカタール航空などの中東の航空会社の乗り入れが実現する予定である。

基本的には第1ターミナル北ウイングにスカイチーム加盟各社、第1ターミナル南ウイングにスターアライアンス加盟各社、第2ターミナルにワンワールド加盟各社が発着しているが、スカイチーム所属だが第2ターミナル発着の中国南方航空や、スターアライアンス所属だが第2ターミナル発着のニュージーランド航空やエジプト航空、ワンワールド所属だが第1ターミナル北ウィング発着のブリティッシュ・エアウェイズなど、いくつかの例外もある。

• 臨時便、不定期便のみの就航会社を除く
• 「*」は相手機材のみで共同運航している航空会社
• (ST) はスカイチーム、(SA) はスターアライアンス、(OW) はワンワールドに所属している航空会社