旅客が用いるターミナルビルは2棟に分かれており、無料のターミナル間連絡バスなどの交通機関によって結ばれている<ref>ターミナル間連絡バス</ref>。両ターミナル間は連絡バスで約10-15分。

複数ターミナルを持つ大規模空港に多く見られるように、ターミナル間の距離が離れているため、ターミナルを間違えると移動に時間がかかる。特に、近年増加している他社とのコードシェア便（共同運航便）では注意が必要で、実際に機材を運航する航空会社が使用するターミナルに向かう必要がある。

1992年の第2ターミナルの完成以降、第2ターミナルへの各種サービスの偏重、混雑時間の集中やコードシェア便の増加により、利用者にとって不便な部分が多かった。そのため、1990年代中盤より第1ターミナルの南北ウィングの改修を進める上に、国際航空連合（エアライン・アライアンス）のグループごとにまとめて、同じターミナルに集約することによって、混雑解消を目指し、かつ利用者の利便性を高めるため、第1ターミナル南ウイングが供用開始する2006年6月から約1年間かけて20社が段階的に移転することになった。

現在、各航空会社は主な3つの国際航空連合ごとにまとまっており、ワンワールド陣営の多くは第2ターミナル、スターアライアンス陣営の多くは第1ターミナル南ウイング、スカイチーム陣営が第1ターミナル北ウイングを使用している<ref>成田国際空港株式会社 - 航空会社再配置計画</ref>。