火山灰に覆われた日本は、酸性土壌のため、化石が残りにくく、化石人骨の発見も少ない。

かつては愛知県豊橋市で発見された「牛川人」が最も古い（約20万年前の旧人）とされていたが、2001年の再鑑定によって、人骨である可能性がほぼ否定されている（ナウマンゾウなどの獣骨と見られている）。

今世紀初頭にこれまで化石人骨とされてきた標本の再鑑定が実施された後では、本州で最古の人骨は、静岡県浜松市で発掘された浜北人（約1万4,000年前）である。

比較的良好な保存状態で発見された沖縄県八重瀬町港川採石場で発見された港川人は、1万8,000年前の新人である。後期更新世か後期旧石器時代に当たる。眼窩上や眉間の隆起が発達したやや原始的で頑丈な頭と顔、小柄な体格、華奢な上半身比較的頑丈な下半身の特徴を持ち、縄文人に繋がる特徴を備えているという。縄文人はユーラシア大陸から渡ってきた（渡来）と言われている。