1945年11月25日、父・金日成の側近の1人である趙明禄の護衛により<ref>『北朝鮮解体新書』p.33</ref>、母・金正淑、弟・修羅（金万一）とともにソ連から海路で朝鮮に帰国。雄基港に上陸<ref>金正日はこの時のことを記憶しており「雄基港の灯台について深い印象が残っている」と語っている（張明秀『裏切られた楽土』 講談社 1991年8月 ISBN 4062050749）</ref>後、清津を経由して平壌に移動し、先に帰国していた父のもとに落ち着いた。1946年に妹・金敬姫が生まれたが、1947年に弟を事故で、1949年には母をそれぞれ亡くしている。幼年期は内向的な性格だった。

朝鮮戦争開始後の1950年9月中旬、北朝鮮軍の形勢が不利になると、曽祖父母や妹と共に平壌から慈江道長江郡に疎開するが、国連軍が北上し中朝国境付近に迫ると、満浦経由で中国に脱出、吉林市内の学校に通学した。1952年11月下旬、父の指示により北朝鮮に帰国した<ref>『北朝鮮解体新書』p.142</ref>。