家族は妻と2人の娘がいる。妻のリュドミラ・プーチナは元客室乗務員で、その後レニングラード大学で文献学を専攻する学生となり、1983年7月28日にプーチンと結婚。1985年に長女マリーヤ、1986年にはドレスデンで次女カテリーナが生まれている。ロシア大衆紙『モスコフスキー・コムソモーレツ』（電子版2005年8月4日）によると、2人は姉妹そろって父と母の母校であるサンクトペテルブルク大学（旧レニングラード大学）に合格し、マリーヤは生物土壌学、カテリーナは日本史を専攻することになると報じた。また、マリーヤは2005年3月ギリシャで結婚式を挙げた。結婚相手は明らかにされていない。