プーチンは2期目となる2004年の大統領選挙に70%以上の圧倒的な得票率で再選した。再選後、同年9月にベスラン学校占拠事件が発生したことから、ロシアの国家統一の必要性を理由として、地方の知事を直接選挙から大統領による任命制に改め、より一層の中央集権化を進め、大統領権限を強化した。

ロシア経済は原油価格の高騰に伴い2期目も実質GDP成長率で年6～8%台の成長（を設置する連邦法に署名した。それによって同年12月に6箇所の経済特区が設けられた<ref>エリツィン政権でも経済特区が設けられたが、脱税やマネーロンダリングといった犯罪の温床となったため、プーチン政権でそれらの特区はほとんどが廃止された。</ref>。

また、ロシア政府は2005年に、2008年6月10日。</ref>。

それでも依然として多くのロシア国民（2009年の時点で6人にひとりとも）が最低生活水準を下回る生活をしていることや、を同年11月に第一副首相に任命した。

しかしプーチン政権の2期目は、経済成長の達成の裏で、その政治手法が強権的・、2007年。</ref>。

また、プーチン政権を批判していた人物が次々と不審な死を遂げ、ロシア政府による暗殺説が浮上したことも、欧米諸国にマイナスイメージを持たれる一因になった。2006年10月、反プーチンのロシア人女性への暗殺計画が発覚し、その容疑者がロシアに強制送還される事件が起こっている。

ロシアの大統領は連続3選が憲法により禁止されているため、大統領退任後の去就が注目されていたが、2007年10月に開かれた与党・統一ロシアの第8回党大会で、大統領退任後は首相に就任して政界にとどまることに意欲を示した。 同年の第9回統一ロシア党大会でプーチンは同党の党首に就任することを受諾した。