2004年4月28日、国民年金の保険料を支払っていなかったことが発覚した。小泉政権では、同問題の責任を取り福田康夫が内閣官房長官を辞任したが、竹中は内閣府特命担当大臣を辞任せず直後に参議院議員に立候補した。なお、一般市民により国民年金法違反容疑で大阪地方検察庁堺支部に告発されている。