ミサワホームが産業再生機構を経てトヨタ自動車に売却される過程で、竹中らによる「公権濫用」があったと指摘されている。

2004年12月28日、ミサワホームが経営不振から産業再生機構の管理下におかれ、翌年3月31日、トヨタ自動車がミサワホームのスポンサーになることが決定した。このミサワホーム売却を巡り、ミサワホーム創業者の三澤千代治側が竹中を警視庁に刑事告発した。

2002年5月、竹中平蔵（当時内閣府特命担当大臣（金融担当））の兄にあたる竹中宣雄（当時ミサワホーム東京社長）が「弟の平蔵と話しているのだが、（産業）再生機構を活用したらどうか」と三澤千代治（当時ミサワホーム会長）に提案した。三澤はその提案を拒否したが、その後ミサワホームの経営状況は悪化の一途を辿り、不良債権化の懸念が強まった。2003年10月、竹中宣雄が「弟から電話があった。トヨタの奥田会長と会ってほしい」と三澤に再度要請した。くわえて、会談の前日には平蔵自らが三澤に日時の確認を行っていた。

これらの行為に対し、三澤は「国務大臣としての職務を逸脱した一企業への圧力であり、職権濫用にあたる」と主張し、刑法193条に基づき「公務員職権濫用罪」容疑で警視庁に刑事告発した。竹中側は「適正な職務執行であり、職権濫用ではない」と反論しており、三澤の主張を否定している。国会審議でも竹中の言動について取り上げられたが<ref>第162回国会　予算委員会第七分科会　第1号議事録）</ref>、竹中自身は指摘された事実はないとして、三澤側の主張に反論している<ref>第164回国会　予算委員会　第5号　平成十八年三月六日（月曜日）議事録）</ref>。