に帰国、同年、慶應義塾大学の教授に就任。

日本財団の交付金で設立された基本財産が397億円のシンクタンク東京財団の理事に1997年に就任、1998年、同常務理事、1999年、同理事長。1998年に東京財団内に設けられた「インテレクチュアル・キャビネット政策会議」には、総理に香西泰（後に政府税制調査会会長）、官房長官に島田晴雄（慶應大教授）と竹中、財政担当大臣に本間正明（大阪大教授、後に政府税制調査会会長）と吉田和男（京都大教授）、金融担当大臣に池尾和人（慶應大教授）と岩田一政（東京大教授、後に日本銀行副総裁）らが名を連ねた。これは実質竹中による、政策会議で、自民党議員との交流会も頻繁に開かれ、竹中の紹介で小泉純一郎と会ったメンバーも多くいた<ref>『文藝春秋』2003年11月号</ref>。

また日本興業銀行経営アドバイザーや、フジタ未来経営研究所理事長、アサヒビール社外取締役等も務めた。