庵野は『スーパーロボット大戦』へのエヴァンゲリオン参戦を大いに喜び、自らガンダム、マジンガーZ、ゲッターロボのイラストを描き下ろした色紙と「ファンの一人として楽しみにしています。」というコメントをバンプレストに送り、また「A.T.フィールドはスーパーロボットたちの必殺技で貫ける」<ref name ="suparobo">「スーパーロボット大戦Fを一生楽しむ本」1997-12-10 勁文社刊 インタビュー記事より</ref>「エヴァンゲリオンの身長は40 - 200m」「エヴァンゲリオンは宇宙でも活動可」などの設定もバンプレスト側に提出している。また、『スーパーロボット大戦F』における「戦いをためらうシンジがブライトに修正され、アムロに諭される」というイベントは庵野の発案である<ref name ="suparobo" />（このイベントではブライトに殴られたシンジが、『父さんにもぶたれたこと無いのに!』と、かつてのアムロと同様の発言をしている）。

こういったいきさつから、『スーパーロボット大戦F』で初めて登場したときのエヴァには、「アーガマ（機動戦士Zガンダム）やグラン・ガラン（聖戦士ダンバイン）などの戦艦にアンビリカルケーブルを接続して行動し、切断すると1ターンしか動けなくなる」、「A.T.フィールドは4000ポイント以下のダメージを無効化する」、「地上・水中・宇宙での行動が可能」といった設定がつけられた。また、ストーリー中に初号機の暴走やヤシマ作戦がイベントとして盛り込まれた。

シンジの人間的な成長に焦点を置かれている部分も多く、特に『第3次スーパーロボット大戦α 終焉の銀河へ』では前日談である『スーパーロボット大戦α』を戦い抜いた「人間的に成長したシンジ」が登場する。この作品では原作の消極的な一面が消えており、以前の姿を知る仲間たちからも「男の顔になった」と評されるなど強く信頼されている。また、かつての自分のように戦う理由に悩む人物を諭す姿も見せている。

現在のところ参戦している作品は、『スーパーロボット大戦F』・『スーパーロボット大戦α』・『スーパーロボット大戦MX』・『スーパーロボット大戦Scramble Commander』・『第3次スーパーロボット大戦α 終焉の銀河へ』。