作品タイトルである「エヴァンゲリオン」とは、劇中で主人公らが乗る巨大人型決戦兵器のことである。これはギリシア語で福音を意味する"euangelion"（エウアンゲリオン）に由来する<ref>ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序_公式サイト_キャラクター相関図より</ref>。

また、ラテン文字表記では「新世紀」を"Neon Genesis"としている（新世紀をそのまま英訳するとnew era/century）。neon (νέον)とはギリシア語で「新しい」の意、genesisとは旧約聖書正典の一つ創世記のことで、「誕生、創生、原因、開始、始まり、根源」の意をもつ。

つまりラテン文字表記のタイトルであるNeon Genesis Evangelionをそのまま訳すと、「新しく始まる福音」となる。Genesisを「創世記」の意味とすれば前半部分は「新・創世記」ともとれるが、いずれにせよ「新世紀エヴァンゲリオン」とはニュアンスが異なっている。

また新劇場版制作の際にタイトルから「新世紀」がなくなった理由として21世紀に入ってしまったからと挙げていることから、20世紀中に本作品が制作されたことがタイトル成立の一因となっていたようだ<ref>「ヱヴァンゲリヲン新劇場版：破」はココが違う! 噂の新要素を旧シリーズと比較検証、eiga.com、2009年6月19日</ref><ref>個人ブログ</ref>。