• 新世紀エヴァンゲリオン スクリーンセーバー vol.1 - VOL.3 （全3品、- 1998年9月18日）
• 新世紀エヴァンゲリオン コレクターズディスクvol.1 - vol.7（全7品、- 1999年1月14日）
• 新世紀エヴァンゲリオン ジオメトリックフィギュア Rev.00 - Rev.02（全3品、1998年1月15日）
  • Shade形状集「新世紀エヴァンゲリオン」コンプリートパッケージ（2004年1月30日）
• ガイナックスMIDIコレクション 新世紀エヴァンゲリオン（1998年2月20日）
• 3D WORKSHOP EVANGELION編 1 - 3（1998年4月17日 - 1998年10月5日）
• 新世紀エヴァンゲリオン コレクターズディスク・鋼鉄のガールフレンド版（1999年5月28日）
• 新世紀エヴァンゲリオン 3D 綾波レイ（2000年7月15日）
• 新世紀エヴァンゲリオン 3D 惣流・アスカ・ラングレー（2000年10月28日）
  • 新世紀エヴァンゲリオン 3D 綾波レイ&惣流・アスカ・ラングレー バンドルパック Plus（2001年3月30日）
• 新世紀エヴァンゲリオン キャラクターBOX（2001年2月9日）
• 綾波育成計画 ぷかぷかレイちゃん（2002年4月12日）
• ガイナックスプリントソフトシリーズ Vol.1 新世紀エヴァンゲリオン（2002年12月6日）
• 新世紀エヴァンゲリオン DAILY SELECTION
• ペーパーフィギュア エヴァンゲリオン初号機/零号機

その他ミニゲーム系CD-ROMは新世紀エヴァンゲリオン (ゲーム)を参照。