作中では、クラシック音楽の名曲が随所に使用されている。通常の戦闘BGMがイージーリスニングに近い編成のため、音数の多さによってさらに強く印象付けられた。特に第弐拾四話で使用されたベートーヴェン交響曲第9番第4楽章は、この回の本編で使用された音楽はこれのみという徹底ぶりで、作品自体のテーマにも通じて印象的であった<ref>小黒祐一郎『アニメ様の七転八倒』第57回</ref>。

• ゲオルク・フリードリヒ・ヘンデル『メサイア』より「Hallelujah（第二部終曲）」「Worthy is the Lamb...Amen（第三部終曲）」 - 第弐拾弐話「せめて、人間らしく」で使用。
• ルートヴィヒ・ヴァン・ベートーヴェン『交響曲第9番』第4楽章 - 第弐拾四話「最後のシ者」および劇場版『DEATH & REBIRTH シト新生』の第1弾予告にて使用。
• ヨハン・ゼバスティアン・バッハ
  • BWV1007『無伴奏チェロ組曲第1番』 - 劇場版『DEATH』のタイトルロールで使用。
  • BWV1006『無伴奏ヴァイオリンのためのパルティータ第3番』より「ロンド風ガヴォット」 - 劇場版『DEATH』で使用。
  • BMV1068『管弦楽組曲第3番』より「エア」（エール、またはアリア、一般には『G線上のアリア』の名で知られる） - 劇場版『THE END OF EVANGELION』第25話「Air」で使用。
  • BWV147『カンタータ第147番 心と口と行いと生きざまもて』より「主よ、人の望みの喜びよ」 - 劇場版『THE END OF EVANGELION』第26話「まごころを、君に」で使用。
• ヨハン・パッヘルベル『カノン』 - 劇場版『DEATH』のエンディングロールで使用。
• ジュゼッペ・ヴェルディ『レクイエム』より「怒りの日 (Dies irae)」 - 劇場版『DEATH & REBIRTH シト新生』の第2弾予告で使用。