ところが、その期待に応えるものとして放映が待たれた第弐拾伍話と最終話の2話は、一転してそれまでのストーリーとは断絶した主人公の内面世界の物語として描かれた。この最終2話では、サードインパクトや人類補完計画が発動された（もしくは始まった）ことが暗示されただけで、物語の大部分は登場人物の精神的なものが焦点となり、実際何が起こったのかは放送時点では不明瞭であった。この最終2話は放送直後から大きな反響を呼び<ref group="†">『新世紀エヴァンゲリオン (ニュータイプ100%コレクション) 』において、当時のパソコン通信における反応が見られる。また、2006年10月号の月刊ニュータイプでは「ネットでアニメを語った最初の作品」として紹介されている。その他氷川竜介評論集 90年代的ファン気質など参照。</ref>、大塚英志が放送後すぐさま読売新聞において自己啓発セミナーだと痛烈に批判<ref>読売新聞 1996年4月1日</ref>したことを発端として、むしろ作品の知名度を高めていったとされる。

この最終2話の表現方法に至ったわけは、「制作期間が足りなくなったため」と認識されることが多いが、実際にはスケジュールは逼迫していたものの、それのみが原因ではない。

がほぼそのままの形で紹介している</ref>。また、意図した通りの終わり方だったにもかかわらず劇場版という形で改めて最終2話を作り直したのは、「ついてきてくれたスタッフへの謝罪の意味を込めて」であるとしている。

一方で、放映の初期段階から制作スケジュールが押していたのも事実であり（サウンドトラック:NEON GENESIS EVANGELIONの小冊子などでその慌ただしさがうかがえる）、放送開始時点ではおよそ半分の話数しまでしかか作画に入っておらず、完成していたのは第八話まであった。庵野自身も18,19話の時点でスケジュールが「行き詰るのが目に見えていた」<ref>スキゾ・エヴァンゲリオンP36</ref>、また「あれ（このような物語の終わらせ方）が僕のサービスなんです」<ref>スキゾ・エヴァンゲリオンP33</ref>とも語っている。