1992年ごろ、ガイナックスは『王立宇宙軍〜オネアミスの翼』の続編にあたる『蒼きウル』と呼ばれるアニメ映画の企画制作を行っていた。しかしガイナックスの財政的な事情により1993年7月ごろに制作が中止された。このプロジェクトの失敗で、蒼きウルの監督から解放された庵野秀明は、すぐにキングレコードの大月俊倫にTVアニメの放送時間枠の確保を要請し、前々から企画として温めていたオリジナルロボットアニメの制作にとりかかった。当然のことながら、蒼きウルの要素は初期のエヴァンゲリオンにとりいれられている。

現在までに公開されているエヴァンゲリオンの初期コンセプトは、本編といくらかの違いがある。例えば使徒の数が17ではなく28だったり、物語のクライマックスでの12使徒との戦いや人類補完計画の発動が含まれていた<ref>『新世紀エヴァンゲリオン (ニュータイプ100%コレクション) 』（角川書店）</ref>。

山下いくとによるEVAのメカデザインは、当初「決して売れないだろう」としてロボットアニメのスポンサーとなることが多い玩具会社から非難された。結局はセガがビデオゲームと玩具のライセンスを取得し、本放送のスポンサーには角川書店とセガの2社がついた。

1994年4月の時点でスポンサーなどへの外部企画書が完成し、同年6月にはガイナックスのファン会報とGAINAX-NETにて、ガイナックスの新作アニメーションが発表された。同年11月26日に発売された月刊少年エース1月号にて漫画「エヴァンゲリオン」の連載が告知され、同年12月26日発売の少年エース2月号にて貞本義行による連載が始まった<ref name ="nikkeibp9704">新世紀エヴァンゲリオン“騒動”小史、日経エンタテインメント!1997年創刊号（インターネットアーカイブのキャッシュ）</ref>。1995年3月10日に発売されたニュータイプ4月号では庵野監督のインタビュー他、キャラクター設定とイメージボードが公開された。同年7月22、23日に茨城・潮来ホテルにて開催された「ガイナ祭95」にて、新世紀エヴァンゲリオン第壱話および第弐話が初公開された。9月1日には、貞本義行による漫画第1巻が発売され、10月4日に本放送が開始された。

物語の後半に位置づけられる壱拾六話は、アクションやアドベンチャーから心理的なものへと移り変わった大きな展開点となった。

第壱拾八話のEVA初号機の暴力的なシーンは、子供が見るアニメ番組として不適切だとして非難された<ref name ="nikkeibp9704" /> 。また第弐拾話のミサトと加持の性的なシーンの描写も同様に非難された<ref>『パラノ・エヴァンゲリオン』155ページ</ref>。

こうした中でも、「人類補完計画」など作品中ではその全貌や実体が明らかにされない数々の伏線を散りばめたストーリー、生物学・心理学・宗教関係の専門用語を多用したつくりは、SFファンを中心に人気を集め、最終話に向けて視聴者の期待は盛り上がっていった。