主人公らの乗る汎用人型決戦兵器。ロボットではなく人造人間であり、「A.T.フィールド」と呼ばれる防御壁をもつことから、使徒に対抗できる唯一の存在とされる。パイロットはEVAとの神経接続を行う「インターフェイス・ヘッドセット」と生命維持等の支援を行う「プラグスーツ」を着用し、コクピットである「エントリープラグ」に乗り込む。エントリープラグはEVAの頸椎部分から挿入され、内部には「L.C.L」と呼ばれる、肺胞でのガス交換を可能にする液体が満ちている。EVAはパイロットとの神経接続によりコントロールされ、稼働状況は両者の「シンクロ率」により左右される。シンクロ率が低いとEVAは起動しない。またシンクロ率が高いときにEVAが外的ダメージを受けると、パイロットにも肉体的影響がでる。パイロットは原則として「母親のいない14歳の子供」に限って選抜されている<ref group="†">母親の魂を介すことでEVAとシンクロするため。この設定はNHKのTV番組『驚異の小宇宙 人体II 脳と心』から着想を得ている（月刊少年エース2002年12月号付録「お貞本」より）。また、14歳に限定される理由は不明。</ref>。