2006年、新たに2008-09シーズンよりブンデスリーガ3部が発足することが決定された。2007-08シーズンの結果に基づき、ブンデスリーガ2部からの降格クラブ（4クラブ）と、南北の2リーグに分かれているレギオナルリーガ（現在の3部）の上位クラブ（南北8クラブずつ）によって、3部リーグが構成される。その下に、レギオナルリーガの下位クラブとオーバーリーガの上位クラブによる4部リーグとしてレギオナルリーガが再編成される。現在のレギオナルリーガ（3部）は南北2リーグであったが、新たなレギオナルリーガ（4部）は3リーグ構成となる。各レギオナルリーガで優勝した3クラブが、ブンデスリーガ3部へと昇格する。

また、以前はBチームがブンデスリーガへ昇格することは不可能であったが、この制度改革以降その制限はなくなった。 ただし、Aチームと同じディビジョンでプレーすることは認められない。