一方で、この強力な同盟関係の下で日本が自主的な外交、軍備を怠ってきたことや、冷戦時代にアメリカが起こしたベトナム戦争やその後のイラク戦争などにおいて、嘉手納基地や横田基地などの日本国内のアメリカ軍基地が出撃基地として利用されてきたこと、日本国内のアメリカ軍基地周辺において在日アメリカ軍兵士による日本人女性に対するレイプや強盗、殺人事件が多発しているが、日米地位協定により日本側に被疑者の身柄の拘束を最初に行うことが拒否されるケースがあることなどから、同盟関係に対する批判も存在する。現在、地位協定の改善に向けて協議が進んでいる。