経営危機の後、収入源として聖教新聞の印刷を一部請け負うようになったため、創価学会関連の記事や広告が比較的多く、また創価学会幹部の発言がコラムや対談記事として掲載されることがある」<ref>かつて毎日新聞社に在籍したアンチ学会の内藤国夫はこれに嫌気して退職したものと思われる。</ref>。そのため特定の宗教団体を巡る記事を掲載するに際して、編集の独立性に対する萎縮的効果を生じているのではないかという指摘がある（週刊ダイヤモンド2004年8月7日号に詳述）。創価新聞・公明新聞といった創価学会関連紙の印刷請負は毎日新聞に限らず、読売・朝日・日経の全国紙および中日（東京）・北海道・西日本新聞等のブロック紙・地方紙など34紙に及ぶが、週刊文春（2002年9月19日号）の記事によれば公明党の2001年分の政治資金収支報告書を元に受注金額が最も多いのは毎日新聞社の印刷子会社である東日印刷の約3億円で、二位の日刊オフセット（朝日新聞社系）の1億3000万円と比べて圧倒的に多いだけでなく、毎日新聞社はグループ全体で他にも毎日北海道、毎日旭川、東日オフセット、福島民報社、毎日新聞北関東コア、エスティ・トーニチなどで印刷受注しており、他紙を圧する受注額を誇っているとされる。対して創価学会側も聖教新聞2000年1月25日紙面において池田大作（同紙名誉社主）らが東日印刷幹部（元毎日新聞取締役含む）を迎え、「東日と　家族の如き　聖教は　共に栄えむ　歴史を築きて」という句と共に「SGI(創価学会インターナショナル)勲章」を贈呈したと報じている。 また、2009年3月1日の紙面オピニオンの欄に名誉会長である池田大作氏の寄稿を掲載している。タイトルは「危機の打開へ若き活力を」。