以下にはよりなじみの深い真核生物の分類、より厳密に言えば動物を中心に成り立つ種分類上の留意点について記述する。ここには真核生物でも植物 (Plant)、菌類 (Fungi)、原生生物 (Protista) などでは成立しない定義も多く含まれている。上述した「有性生殖の役割」も植物、菌類、原生生物では成立しないケースがある。これらでは有性生殖がほとんど認められなかったり、交配できない不和合接合型（クローンや親子兄弟など同じもしくは近い型の間では有性生殖が成立しない）が認められたりする例が多数ある。このため「交配可能かどうか」は種の分類に使いにくい場面が多い。専門家の間で完全に同意を得られるような種の定義はない。つまり、生物の集団をどうとらえるかは、研究者・分類群・研究の目的によって異なり、全て生物の分類に適用可能な種の概念は存在しないということである<ref>河田雅圭『1章 個体の行動の進化』　行動・生態の進化（シリーズ進化学 第6卷）. 長谷川　眞理子，河田　雅圭，辻　和希，田中　嘉成，佐々木　顕，長谷川　寿一 (eds). 2006年6月. 岩波書店. ISBN4-00-006926-8</ref>。