各艦隊は部隊管理組織であり、海軍作戦部長の指揮を受ける。作戦行動は各統合軍司令官の指揮を受けている。艦隊司令官と統合軍海上部隊司令官が兼任である場合もあり、各艦隊と統合軍海上部隊がほぼ同義とみなせるケースもある。

• アメリカ統合戦力軍-艦隊総軍：第2艦隊・（第3艦隊）
• アメリカ南方軍-南方海軍：第4艦隊
• アメリカ欧州軍-欧州海軍：第6艦隊
• アメリカアフリカ軍：第6艦隊
• アメリカ中央軍-中央海軍：第5艦隊
• アメリカ太平洋軍-太平洋艦隊：第3艦隊・第7艦隊
• アメリカ輸送軍：海上輸送司令部
• アメリカ特殊戦力軍：海軍特殊作戦司令部
• アメリカ戦略軍：海軍潜水艦部隊(NAVSUBFOR)