海軍省の長である海軍長官（文官）は、合衆国法典第10編の規定の下、海軍省の政策を決定し合衆国議会へ報告する義務を負う。又、海軍事務を指揮・監督する権限および義務を負っている。すなわち、海軍省の人員を補充し、組織し、供給し、装備し、訓練し、動員し、復員させ、海軍の艦船、施設、および設備についての建造、支給、修理を監督する。

海軍作戦部長は、海軍の軍人のトップであり、4つ星の将官である大将が任命され統合参謀本部のメンバーとなる。海軍作戦部長は他の統合参謀本部のメンバーと同じく作戦部隊に対する直接作戦指揮権は無く、あるのは海軍省が策定した政策の行政執行権だけであり、海軍部隊の即応状態を直接維持し統合軍に部隊を拠出するまでの責任を負っている。

作戦指揮は、軍最高司令官である合衆国大統領から国防長官を通じて各統合軍司令官に直接伝達される。海軍作戦部長は、陸軍・空軍・海兵隊の参謀総長等と共に統合参謀本部に加わり大統領に作戦上のアドバイスをする立場にある。