• 九州旅客鉄道
  • 九州新幹線
  • 鹿児島本線
  • 日豊本線
  • 指宿枕崎線
• 肥薩おれんじ鉄道
  • 肥薩おれんじ鉄道線（土日・祝日のみ）
• 鹿児島市交通局（鹿児島中央駅前電停）
  • 鹿児島市電第二期線
  • 鹿児島市電唐湊線

鹿児島本線と日豊本線の名目上の境界駅は隣の鹿児島駅だが、日豊本線の列車は全て当駅まで乗り入れており、また直通列車の場合列車番号の変更は鹿児島駅ではなく当駅で行うため、当駅は事実上の境界駅として機能している。またこの運行体系から、日豊本線の列車は当駅 - 鹿児島駅間では路線の上下と列車番号の偶数奇数が逆になっている。 国鉄民営化以降、優等列車が当駅を跨いで運転されたケースは、1992年の夏期に「つばめ」の臨時列車（上り1本）が一部運転日に国分駅始発で運行された1例のみである。

また、2008年3月15日より、第3セクターである肥薩おれんじ鉄道が土日祝日の朝夕に乗り入れを行っている。