2008年5月20日、教団は名称の Aleph への改称、および旧役員に代えて合同会議による教団運営を主要な内容とする新体制発足を発表した<ref name="aleph20080520"/>。合同会議は運営委員会<ref name="aleph20080520committee">Aleph運営委員会</ref>が主宰し、その共同幹事である上田竜也と松下孝寿が教団を対外的に代表するとしている。さらに、これまで新代表を名乗ってきた野田成人に対し、教団役員の地位の失効と代表地位の無効を通告した<ref name="aleph20080520"/><ref name="asahi20080520"/><ref name="aleph20080520noda">通告書 2008年5月20日 宗教団体アーレフ改めAleph合同会議</ref>。

新体制発足により、活動方針には麻原回帰の傾向がみられるとして公安当局は警戒しているという<ref name="mainichi20080521"/>。