上祐は教団復帰直後の新団体「アレフ」発足においてこそ教団役員にならなかったが、唯一の「正大師」という立場を背景に実権を握った。2001年8月に「旧宗教法人問題担当」として役員に就任したのち、2002年1月30日に正式にアレフ代表に就任した。

上祐史浩は、組織防衛のために「麻原外し」路線を推進、麻原を「開祖」「尊師」ではなく、「旧団体代表」と定義し、麻原の肖像を本尊とすることを禁じた。この方針に、麻原を崇拝する多くの信者が反発することになった。

なお、2003年2月に団体名を、びっくりドンキー等を経営する「株式会社アレフ」との誤認を避けるためアーレフに改称した。