鎌倉時代に入ると元来東国を拠点としていた那須氏・松田氏・三村氏・庄氏・赤木氏などの有力御家人が地頭職などを得て移住・土着した（東国から西国に移った鎌倉幕府御家人という意味で西遷御家人と呼ばれる）。

室町時代には鎌倉幕府倒幕に活躍した播磨の豪族・赤松則村（円心）が播磨・備前・美作3国の守護職に任ぜられ、以後赤松氏が代々3国の守護職を受け継ぎ、この3国はほぼ連動した歴史を展開する。赤松満祐が嘉吉の乱で時の将軍足利義教を討ったため、赤松氏は一時衰亡し、その後は美作で赤松氏と覇権を争っていた山名氏が3国を領有した。戦国時代に東軍の細川勝元より3国守護職を約束された赤松政則が山名氏を追放し、赤松氏は再び3国守護職に返り咲いたものの、守護代であった三石城城主・浦上村宗によって政則の子が殺され赤松氏は衰退の一途を辿る。赤松氏に取って代わり備前を中心に勢力を伸ばした浦上氏であったが、宗景の代に家臣であった宇喜多直家の下剋上によって滅ぼされ、備前と美作では宇喜多氏が勢力を伸ばした。

備中では尼子氏や大内氏が有力国人を従えて勢力を誇ったものの、毛利氏の支援を得た三村家親が備中全域を統一し、備前の一部も勢力下に治めた。しかし、家親の後を継いだ元親が織田氏の誘いを受けて毛利氏と争うに至り、三村氏は滅亡する（備中兵乱）。

このように現在の岡山県域では多数の戦国武将が群雄割拠の様相を呈し、戦国期を通じ、現在の岡山県域を統一する一大勢力は遂に出なかった。 これは、岡山県が戦国前期には尼子氏・大内氏等の草刈場と化し、後期においては羽柴秀吉の水攻めで有名な備中高松城の戦いに代表されるように東の織田氏と西の毛利氏の衝突地点となったためである。備前の宇喜多氏や備中の三村氏などを除き、戦国期の在地国人勢力に顕著な活躍は見られなかった。しかし、その宇喜多氏・三村氏にしても東西勢力の代理戦争を演じていた面がない訳ではない。豊臣秀吉との縁を得て後述のように戦国末期（近世初期）まで家を保持・成長させた宇喜多氏は在地勢力の例外といえる。