1996年3月28日、東京地裁が破産法に基き教団に破産宣告を下し<ref>『判例時報1558号』3頁、『判例タイムズ907号』98頁</ref>、同年5月に確定する。1996年7月11日公共の利益を害する組織犯罪を行った危険団体として破壊活動防止法の適用を求める処分請求が公安調査庁より行われたが、同法及びその適用は憲法違反であるとする憲法学者の主張があり、また団体の活動の低下や違法な資金源の減少が確認された事等もあって、処分請求は1997年1月31日公安審査委員会により棄却されている。

破防法処分請求棄却後、教団は一転して活動を活発化、「私たちまだオウムやってます」と挑発的な布教活動1を行ったり、パソコン販売を通じて資金調達を進めていった。一方、一連の事件については「教団がやった証拠がない」とし、一切反省せず、被害者に対する損害賠償にも応じなかった。

この教団の姿勢は社会の強い反発を招き、長野県北佐久郡北御牧村（現・東御市）の住民運動をきっかけに、オウム反対運動が全国的に盛り上がりを見せ、国会でもオウム対策法として無差別大量殺人行為を行った団体の規制に関する法律（いわゆる「オウム新法」）を制定するに至った。

2000年2月4日、オウム真理教を母体として、前年に出所した上祐史浩を代表とする「宗教団体・アレフ」が設立される。アレフは更に2003年2月に「宗教団体アーレフ」と改称した（2008年5月20日には更に 「Aleph」（アレフ）と改称）。「アレフ」への改名後、元から同じ名前で存在する無関係な企業が、オウム真理教と関係しているとの風評被害を浴びることになった（同様の風評被害はオウム真理教時代にも類似した名前の企業を対象に起きている。

近年では元信者または現アーレフ信者に対する転入届の受付け拒否や退去勧告・就入学拒否等が地方自治体による違法行為として社会問題になっている。住民票不受理裁判は全て自治体側の敗訴となっている。

麻原の裁判は、幹部の証言のみで死刑が言い渡されている。 ちなみに麻原は、一貫して「弟子たちが勝手にやった」といい続けていた。

坂本弁護士一家殺害はTBS幹部がオウム幹部の早川紀代秀に、オウムを批判しているビデオを見せたことがきっかけとされている。