JR線4路線がある。現在、県内に私鉄は存在しない。なお、別府市に近畿日本鉄道（近鉄）グループの近鉄別府ロープウェイが運営する別府ロープウェイ線と、岡本製作所が運営するケーブルカー別府ラクテンチケーブル線の2路線がある。

• 九州旅客鉄道（JR九州）
  • 日豊本線、久大本線、豊肥本線、日田彦山線
• 岡本製作所
  • 別府ラクテンチケーブル線
• 近鉄別府ロープウェイ
  • 別府ロープウェイ線