開業以来、ホームから人が転落する事故が多く問題となっている。交通局では運行障害の元にもなる投身事故を何とか減らそうと、ホームに投身防止を呼び掛けるプレートや、飛び込もうとする自分の姿を見て思いとどまってもらうべく「鏡」を設置したり、相談を受け付ける「いのちの電話」へ協賛するなどの対策を講じてきた。

2006年には全駅への非常列車停止装置の設置を完了したほか、2008年度から東西線を皮切りに10年間をかけて「ホームドア」（交通局では「可動式ホーム柵」と呼んでいる）を各駅に順次設置していく予定。投身や思わぬ転落事故の防止のほか、ワンマン運転化による人件費の削減が見込まれている。東西線では2008年度中に全駅へのホームドア設置を完了<ref>東西線での設置状況と今後の設置予定</ref>し、4月1日よりワンマン運転を開始した<ref>ワンマン運転開始のお知らせ</ref>。

運行障害が発生した場合「代行バス」が運行されることもあるが、人身事故の場合発生から約30分で折り返し運転が始まり、1時間程度で全線復旧することが多く、事故を知っても駅などで復旧を待つ乗客も多い。そのほか、携帯電話向けに障害発生情報や復旧見込み時間をメールで配信するサービスもある。

なお、車両には排障機が設置され、ホーム脇の軌道にはプレートを敷いてフラットにしてあるため、転落しても車両に巻き込まれることは少ないといわれ、投身しても死亡に至らないケースが多い。