2007年度の乗車料収入は、360.4億円。

• 営業損益は、73.9億円の黒字。
• 経常損益は、13.6億円の黒字。
• 償却前営業損益は212億円の黒字。
• 償却前経常損益は152億円の黒字。

1980年代初頭から赤字が続き、2004年度には単年度赤字約71億1,000万円、累積赤字も同年度末で4,400億円という（当時の札幌市全体の歳入は年間8,000億円弱）危機的な状況となっていた。赤字の主な要因は建設費とその利息で、特にバブル景気の最中に建設された東豊線北部の分が大きいとされる。

2004年から2013年度にかけて、収支の改善を掲げた「札幌市営地下鉄事業10か年経営計画」を実施中である。沿線人口の高齢化に伴う利用客の減少が見込まれ、苦しい経営が予想されていたが、計画より5年も早く2006年度には25年ぶりに経常収支ベースでの単年度黒字を達成した。累積赤字も2006年度末時点で3,412億円と減少傾向にある。ただし、これは補助金の増額（2001年度以降増額され続け、2006年度は2001年度と比べ約60億円の増額）と人件費の大幅なカットによるところが大きい。

2007年度の1日平均乗車人員は、3路線合計で57万2041人と、前年度より0.5%減少したが、乗客数は一定幅内での増減が繰り返されており、ほぼ横ばいの状態と言える。