沿線となる長崎県民及び佐賀県民の中にも建設について賛否両論ある中で、第一期工事としてのが2005年（平成17年）12月、太良町が2006年（平成18年）2月に同意した。

その後、第一期工事区間については、2007年（平成19年）12月17日に建設を推進する長崎県・佐賀県・JR九州による「三者合意」（並行在来線を上下分離方式によりJR九州が運行を継続するので経営分離とはならず、分離についての沿線市町の同意は不要になるという解釈に基づくもの）が行われた。これを受けて、）。

また、第二期工事として考えられているのは諫早駅 - 長崎駅間約21kmであり、長崎県では第一期工事の着工の目途がつき次第、国に対して早期着工を要望していく、としている。但し、現状では約1,100億円とされるこの区間の建設費の財源がないため着工の目処は全く立っていない。

ただし、佐賀県は新鳥栖駅 - 佐賀駅 - 武雄温泉駅間の着工は求めない、としている。これは佐賀平野が軟弱地盤であり難工事が予想され、佐賀県の建設費の実質負担額が約750億円と非常に大きいため、と説明されている。（これが江北町議会の同意決議につながった、と見る向きが多い。当初の計画では新線は江北町内は肥前山口駅の北方を通過するだけで駅は設置されない予定だったためである。JR九州は、新幹線開業後は長崎方面の列車のうち2本に1本は引き続き肥前山口駅に停車し、佐世保方面の列車はこれまで通り全列車が停車する、としている）。

ちなみに長崎県内にある佐世保線の沿線住民は、直接佐世保市内に新幹線が通らないことや（以前の計画では、前述の通り佐世保市の早岐駅を経由するルートであったが、時間短縮のために現在のルートに変更された）、もし長崎ルートが開業しても佐世保への特急の運行本数は以前と変わらないことからあまり関心がない。この状況に対し、フリーゲージトレインを博多から直通させる（標準軌：博多 - 新鳥栖）ことで佐世保線沿線にもメリットを与える案があり、佐世保市の経済界等から推進論が浮上してきている。

毎日新聞社西部本社が2005年（平成17年）12月5日の朝刊紙面で公表した毎日新聞社世論フォーラム九州・山口8県男女1000人電話アンケート調査の結果によれば、九州新幹線長崎ルートの建設を不必要と考える県民の割合は、佐賀県で59%、長崎県で53%、福岡県で48%となっている。また長崎市長選当日である2007年（平成19年）4月22日に、長崎市内の投票所近辺で毎日新聞社によりアンケートが実施された。この結果、建設が必要と考える人が39%、不要と考える人が44%であった<ref>『新幹線は必要か』（毎日新聞長崎版・コラム：2007年6月25日付）</ref>。