博多（山陽新幹線）からの延長ではなく、新八代 - 鹿児島中央間が先にフル規格新幹線で建設・部分開業した理由として以下のことが挙げられる。

• 建設する土地の確保が容易だった。反面、博多 - 熊本間では市街地に新線を引き込むための土地を確保することが困難な箇所が多かったため。
• 鹿児島本線の新八代 - 鹿児島間は大半が単線であったり、線路が海岸線に沿って作られており複線化も困難なほどに線形が劣悪で、高速運転化には抜本的な改良が必要であった。一方、博多 - 八代間は線形が良く、787系による最高130km/h運転の効果を十分に発揮出来るため、速度向上の緊急度が低かった。
• 鹿児島本線で需要の高い博多 - 熊本間に先に新幹線を作れば、採算性に疑問のある熊本以南の建設が行なわれるかどうか分からないと判断された<ref>角一典「九州新幹線鹿児島ルート建設と随伴的諸問題」(pdf)</ref>。これについて元JR九州社長の石井幸孝は著書「九州特急物語」（JTBパブリッシング）で「そして何よりも鹿児島地区の新幹線建設への情熱は絶大で、もし博多側から着工になれば八代で建設が足踏みしてしまうのではないかという危機感が大きく、南側からの建設に対する働きかけが強かったのである」と述べている。
• 新八代以南をスーパー特急規格で建設しても、大した建設コスト削減にはならない（特にトンネル区間の多い新幹線では顕著となる）上に、新幹線車両による直通運転の効果を出せなくなる。