以下の14市3郡3町1村を合わせて、18市町村がある。町は「まち」、村は「むら」と読む。

2005年から2006年にかけて、いわゆる「平成の大合併」により、別府市、津久見市、姫島村、日出町、九重町、玖珠町を除くすべての市町村が合併し、市町村の数は2004年12月31日までの58から、2006年3月31日に東国東郡4町が合併し国東市が誕生した時点で、18へと大幅に減少した。これは九州で最も少なく、全国でも4番目に少ない。なお町の数(3)および町村数(4)は2007年2月現在47都道府県で最も少ない。

• 大分市（県庁所在地・中核市）
• 別府市（国際観光温泉文化都市）
• 中津市
• 日田市
• 佐伯市
• 臼杵市
• 津久見市
• 竹田市
• 豊後高田市
• 杵築市
• 宇佐市
• 豊後大野市
• 由布市
• 国東市
• 東国東郡
  • 姫島村
• 速見郡
  • 日出町
• 玖珠郡
  • 九重町 - 玖珠町