政治家の靖国神社参拝問題については、政教分離が問われるなど一番の問題は靖国神社が宗教法人であることだとしており、2006年の総裁選では総理になった場合に靖国神社を非宗教法人化（国が関与できる特殊法人への移行）し、国立追悼施設にすることを公約に掲げた。2008年10月にも「神社という名前が問題なら、靖国廟でも招魂社でもいろんな形がある」として、非宗教法人化を支持する姿勢を示している<ref>『時事通信』 2008年10月7日</ref>。

2006年には、「首相になった際には靖国参拝を自粛する」という考えを示していた<ref>『読売新聞』 2006年8月4日</ref>。2008年に首相に就任した直後には「行くとも行かないとも答えることはない」として曖昧な姿勢を見せている<ref>『日本経済新聞』 2008年10月7日</ref>。外交問題に飛び火した小泉首相の参拝について「中国が（参拝を中断しろと）言えば言うほど行かざるを得ない」とし、「これはタバコを吸うなと言うと吸いたくなるのと同じだ」と述べた。麻生本人は外相在任当時、外務大臣は個人ではないという理由で靖国神社には参拝しなかった。

することを「1つの方法」と発言し、「望ましい」として賛成している<ref>『日本経済新聞』 2008年9月15日</ref>。

2006年1月28日、名古屋で行われた公明党議員の会合で、「英霊は天皇陛下のために万歳と言ったのであり、首相万歳と言ったのはゼロだ。天皇陛下が参拝なさるのが一番だ」と述べ、「（天皇が）公人か私人かという論議のため参拝できなくなったが、解決の答えはいくつかあるはず」と付け加えたが、批判を浴びると「今の状況で天皇陛下に参拝していただきたいとは一切言ってない」と発言を修正し、釈明した<ref>『共同通信』 2006年1月31日</ref>。

日本と韓国の緊張関係について、「両国が靖国問題にあまりにも執着しているのが最も大きな問題だ。 当分はマスコミが靖国問題を書かないのが一番よさそうだ。 問題をあおって増幅させた」との考えを表明している<ref name="joinscom20051225"/>。

2006年5月26日に都内のホテルで開かれた国際交流会議「アジアの未来」で講演し、「23日に自分がカタールで中韓の外相と会談したので関係改善の流れが出て来た」と発言。これに対して韓国産業資源部長官は、「アジア共同体形成に関して各国間合意はできたが、韓中日の共同体構築努力が他地域に比べ足りない、原因は一部政治家の靖国参拝や歴史問題だ、ヨーロッパがいかにしてこれを克服したか考えて欲しい」と講演した<ref>『日本経済新聞』 2006年5月26日夕刊</ref>。