アフリカ北東隅に位置し、国土の90%は砂漠で、西方にはサハラ砂漠の一部であるリビア砂漠、東方には紅海とスエズ湾に接するアラビア砂漠がある。リビア砂漠には海抜0m以下という地域が多く、面積1万8000km²の広さをもつカッターラ低地は海面より133mも低く、アフリカ大陸で最も低い地点とされている。シナイ半島の北部は砂漠、南部は山地になっており、エジプト最高峰のカテリーナ山 (2637m) や、旧約聖書でモーセが十戒をさずかったといわれるシナイ山がある。

ナイル川は南隣のスーダンで白ナイル川と青ナイル川が合流し、エジプト国内を南北1545kmにもわたってに北上し、河口で広大なデルタを形成して地中海にそそぐ。カイロ近辺で典型的な扇状三角州となるナイル・デルタは、地中海にむかって約250kmも広がっている。かつてはナイル川によって運ばれる土で、デルタ地域は国内で最も肥沃な土地だったが、アスワン・ハイ・ダムによってナイル川の水量が減少したため、地中海から逆に塩水が入りこむようになった。ナイル河谷は、古くから下エジプトと上エジプトという、カイロを境にした2つの地域に分けられている。前者はデルタ地域をさし、後者はカイロから上流の谷をさしている。