博多駅は「福岡市」の代表駅にありながら「福岡駅」ではなく、「博多駅」である。これには地理的・歴史的な理由がある。

江戸時代まで福岡は武家町、博多は町人町として栄えた別々の都市であった。1889年（明治22年）4月「市制及び町村制」の公布に基づき、県令により博多・福岡をまとめて「福岡市」として市制施行することとなった。その際に九州鉄道の駅名を「博多」とすることにより市名議論の決着を図ろうとした。その後「博多市」に市名を改称しようとする動きもあったが一票差で否決され現在に至る。

博多駅の立地についても、当初建設された駅舎は現駅の北西に約600m先の現在の祇園駅付近であった。この場所は当時は福岡市境であって田畑などの耕地だったため駅舎建設が容易であり、また門司・熊本方面へ鉄道を結ぶに好都合であったと考えられる。

そののち新幹線の開業などにより「博多」の知名度が高まると、「福岡」より「博多」のほうが全国的に認知されるようになった。そのため、「博多市」という市が存在する、かつては福岡市と博多市に分かれていてその名残として「博多駅」が残っているなどといった誤解も存在するようである。過去に「博多市」なるものが存在しないという事情からすればかなり特殊な例といえ、駅名が都市全体の対外的印象に大きな影響を及ぼす代表的な例となっている。